Eukaryotische (mit Zellkern) Lebewesen, die weder Pflanze, Tier bzw. Bakterie sind und deshalb eine eigenständige Gruppe bilden. Für die Hygiene im Gesundheitswesen sind Schimmelpilze, Fadenpilze (Dermatophyten) und insbesondere Hefepilze relevant – sie können Infektionen der unteren Atemwege, Blutstrominfektionen (Sepsis), Harnwegsinfektionen und postoperative Wundinfektionen verursachen.